Le régime d'évaluation des incidences est l'outil qui assure l'équilibre entre préservation de la biodiversité et activités humaines.
La Directive Habitats institue ces mécanismes obligatoires d'évaluation des plans et projets non liés à la gestion du site mais susceptibles de l'affecter de façon significative (Article VI de la Directive).
Le Code de l'environnement prévoit que "les programmes ou projets de travaux, d'ouvrage ou d'aménagement soumis à un régime d'autorisation ou d'approbation administrative, et dont la réalisation est de nature à affecter de façon notable un site Natura 2000, font l'objet d'une évaluation de leurs incidences au regard des objectifs de conservation du site. Les travaux, ouvrages ou aménagements prévus par les contrats Natura 2000 sont dispensés de la procédure d'évaluation mentionnée."
Le décret n° 2010-365 du 9 avril 2010 relatif à l'évaluation des incidences Natura 2000 est un élément important à prendre en compte et à appréhender dans le cadre de l'animation d'un site. En effet, son application qui est entrée en vigueur le 9 août 2010 est devenue plus stricte sur les activités succeptibles d'être soumises à l'évaluation des incidences.
Ce décret national est complété par deux « listes locales », élaborées par les Directions Départementales des Territoires (DDT) de chaque département.
